Não vou entrar em detalhes do funcionamento do framework neste post, desta forma  suponho que o leitor saiba que existem duas pastas libraries, uma dentro da pasta application e outra na pasta system. Na librarie da pasta application geralmente temos as livrarias da nossa aplicação e também as livrarias extendidas da pasta librarie que fica dentro da pasta system, ufa.

Muitos aconselhariam fazer uma livraria extendida da classe Upload para não alterar a classe Upload do core. Eu particularmente preferi alterar direto no core já que retirar acentos de arquivos é  sempre necessário e deveria vir por padrão no Codeigniter.

Vamos a prática:

- Abra o arquivo Upload .php localizado na pasta libraries dentro da pasta system.

- Logo no inicio, abaixo de  “class CI_Upload {”  existem varias variáveis. Crie abaixo destas variáveis uma nova, exemplo:

var $remove_acentos    =  TRUE;

o valor deve ser TRUE, indicando que esta função deve ser executada por default, ou seja por padrão toda vez que a classe for usada.

- O próximo passo é criar a função anterior. Esta função pode ser feita de diversas formas, escolhi a que julgo melhor:

if ($this->remove_acentos == TRUE)
{
$str = array('/[ÂÀÁÄÃ]/' => 'A',
'/[âãàáä]/' => 'a',
'/[ÊÈÉË]/' => 'E',
'/[´`^~]/' => '_',
'/[êèéë]/' => 'e',
'/[ÎÍÌÏ]/' => 'I',
'/[îíìï]/' => 'i',
'/[ÔÕÒÓÖ]/' => 'O',
'/[ôõòóö]/' => 'o',
'/[ÛÙÚÜ]/' => 'U',
'/[ûúùü]/' => 'u',
'/ç/' => 'c',
'/Ç/' => 'C',
'/ñ/' => 'n',
'/Ñ/' => 'ñ'
);

$this->file_name = preg_replace(array_keys($str), array_values($str),$this->file_name);
}

- Caso você ainda encontre problemas, pode ser por causa da codificação que esta usando, neste caso acrescente no final da função a função utf8_decode() do php , ficando assim:

$this->file_name = preg_replace(array_keys($str), array_values($str), utf8_decode($this->file_name));
Este método funciona 100% e com isso os arquivos que forem enviados por upload no codeigniter não causarão mais erros.
Qualquer duvida os comments estão ai :D